Suite à la découverte du temple sacré qui cachait quatre pierres avec les symboles de vie et le
cinquième élément, les Mondoshawans
viennent les récupérer en prenant soin de prévenir le prêtre qui les gardait de continuer de promouvoir leur savoir afin de protéger la planète du mal absolue.
Quelques siècles plus tard, les voitures volent, les vaisseaux spatiaux pullulent. La découverte d’une boule de feu inquiète les militaires, qui décident alors de prendre les choses en main ce qui entraîne la mort des vaisseaux environnant. Au même moment, un
vaisseau Mondoshawans demande l’accès à la Terre, il transporte les cinq éléments à son bord et souhaite les ramener au temple, le prêtre de cette génération, le Père Vito Cornelius, intervient pour l'accord de leur venue et explique, au Président Lindberg et au Général Munro, que cette « planète » n’est autre que le Mal absolu et qu’ilssont là pour les aider. Malheureusement, le vaisseau est attaqué par des Mangalores, êtres vils intéressés par le pouvoir et l’honneur, et détruit. Croyant tout espoir perdu, le prêtre est renvoyé chez lui et l’épave examinée.
Les biologistes réussissent à trouver un élément biologique qui sera reconstitué sous la direction du Général. Il s’averre que cet élément n’est autre que le
cinquième élément, une femme dotée d’une force culminante mais ne sachant par parler la langue terrienne, elle s’échappe du laboratoire. Prise au piège sur les bords d’un établissement elle décide de sauter et fini par atterrir dans le taxi de Korben Dallas, anciennement Major, qui, au lieu de la livrer aux autorités, l’entraîne dans une course poursuite. Elle demande à voir le Père Vito Cornelius, Korben s’exécute. Le père en tombe dénue de voir le cinquième élément en vie et demande à son second David de se préparer, en attendant Korben fait connaissance avec la jeune fille prénommée Leeloo, il est raccompagné à la porte, sans plus d’explications.
Pendant ce temps les Mangalores rapportent ce qu’ils pensent être la mallette contenant les quatre pierres à Jean-Baptiste Emanuel Zorg, mais il s’averrera qu’elle ne contient rien du tout, ce qu’explique Leeloo au prêtre, elle les a confié à une personne et elle doit la retrouver sur la planète Fhloston Paradise. Hors de lui, Zorg veut reprendre ses armes qu’il avait promis en échange des pierres mais excéder les Mangalores se révoltent et veulent une compensation. Sous la menace, Zorg accepte mais omet de dire que l’arme peut s’autodétruire ce qui leurs coûtera cher par la suite en tuant une partie des guerriers.
Korben reçoit la visite du Général qui lui annonce qu’il doit trouver une personne sur Fhloston qui lui remettra les pierres, la Diva Plavalaguna, au même moment Leeloo fait son apparition avec le prêtre, qui veulent prendre les billets que Korben aurait gagné au concours pour pouvoir aller sur Fhloston. Le père assomme Korben et vole les billets, va à l’aéroport, confie Leeloo à David et se prépare à aller au temple. Mais arrivé au gichet pour l’embarcation Korben fait son retour en prenant la place de David et prend place dans le vole. Face au prêtre, il décide d’envoyer David au temple et de prendre le vaisseau par la voix de la clandestinité. Les Mangalores ainsi qu’un sous-fifre de Zorg tente de monter à bord mais sont rapidement démasqués. A bord Korben fait connaissance avec un DJ un peu excentrique Ruby Rhod.
Arrivés à Fhloston, Korben et Leeloo se préparent à retrouver la Diva qui donnera les pierres après son concert. Malheureusement, les Mangalores prennent le vaisseau en otage et tue la Diva qui donnera quand même les pierres à Korben. Leeloo, elle, intervient dans la suite de la Diva car les Mangalores sont persuader que les pierres s’y trouvent et tombent sur une malle qu’ils pensent être le coffre. Leeloo se débarrasse de ces intrus mais est interrompue par l’arrivée de Zorg qui prend le coffre et blesse Leeloo, il dépose en suite une bombe avant de partir et de découvrir qu’il ne contient pas les pierres. Korben se débarrasse des Mangalores et part à la recherche de Leeloo qui retrouvera dans la suite. La bombe détectée, tout le monde s’enfuit par les vaisseaux de secours, ainsi Korben, Leeloo, le prêtre et Ruby se retrouve à bord d’un petit vaisseau avec les quatre éléments à son bord, avant de le Fhloston Paradise n’explose avec les Mangalores et Zorg, revenu chercher les pierres, à son bord.
Croyant tout danger écarté, le Président découvre que la « planète » s’est mise en mouvement et qu’elle se dirige droit vers la Terre à une vitesse incroyable, il en informe Korben qui se rend directement au temps où David les attend.
Après avoir placées les quatre pierres sur les socles et Leeloo au milieu, ils doivent maintenant ouvrir les pierres. Ainsi fait, il ne manque plus qu’à Leeloo de faire son « travail » mais blessée et fatiguée attend que Korben lui dise qu’il l’aime et ainsi elle détruit la « planète » et tout danger pour les cinq milles ans à venir.