Avec la disparition du leader des Mutant X et d’Emma, les membres restants perdent un peu pied. Eckhart fait son apparition
en leurs promettant la libération d’Adam s’ils lui livrent certains de ses travaux qui lui permettront de retrouver la santé. Documents en main, Eckhart avoue son mensonge, s’enfuit et guérit, mais il sera tué par Brennan. Suite à ça, apparition d’une nouvelle mutante qui s’impose à l’équipe : Lexa Pierce de type matériel (elle contrôle la lumière et peut ainsi se rendre « invisible » ou projeter la lumière en rayon). Elle avait intégré l’ASG après que Eckhart lui ait promis de sauver son frère en contrepartie de sa coopération. Comprenant qu’il n’en serait rien, Lexa voudra quitter Génome X, mais sera vite arrêtée. Pour la punir, on lui implante un système directement relié à son cerveau qui fait d’elle une marionnette. Après elle travaillera pour le Dominion, société secrète qui agirait pour le "Bien de l'Himanité", et assure la place qu’Adam occupait. On apprend quer ce dernier est en vie mais se cache pour échaper à des hommes de pouvoir. En comprenant que le Dominion n’est pas ce qu’il semble être, Adam rejoint les Mutant X et décide de découvrir qui se cache derrière l’homme qui se fait appelé le « Créateur », chef de Dominion. Décidant de jouer le tout pour le tout, les Mutant X infiltrent les bâtiments de Dominion, ils découvriront que le Créateur se révèle être le clone vieillissant d’Adam. Ce scientifique étant parvenu à comprendre en partie et à modifier l’ADN humain s’est lui-même cloné afin de permettre à ses recherches de continuer après sa mort par le biais de son clone. Une fois le moment venu le clone reprend la place de son créateur à la tête du Dominion, créant à son tour une copie de lui-même pour assurer la relève. Adam refusant de continuer cette chaîne, le Dominion l’enlève par la force et les Mutant X se retrouvent de nouveau sans leader et sans rien.