Adam Kane généticien à Génome X pense que ses recherches vont aider l’humanité mais découvre plus tard
qu’elles ont donné à certains de ses patients des pouvoirs surhumains, ainsi sont nés les « Nouveaux Mutants ». Mason Eckhart, ancien ami d’Adam, fera assassiner le Dr Bredlove qui avait participé aux recherches, afin qu’il ne dévoile au monde la présence de ces « anomalies » sur Terre. Eckhart prend la tête de Génome X et créé l’Agence de Sécurité Génétique (ASG) afin d’étudier ou de soumettre à son pouvoir ces « monstres » grâce à un petit appareil appelé Régulateur Sub-Dermique qui permet le contrôle des pouvoirs, en leurs affligeant une douleur insupportable s'ils les utilisent sans permission. Eckhart est un tirant, ne supporte pas l’échec qu’il punit exagérément et va jusqu’à rejeter les conséquences de ses fautes sur les autres. Il veut la perte d’Adam qu’il tient pour responsable de sa dégénérescence cellulaire qui l’oblige à porter une peau synthétique, une perruque blanche et doit suivre un traitement très strict afin de ne pas tomber malade, ce qui lui serait fatal. Adam se liera avec des nouveaux mutants qu’il aidera afin qu’ils maîtrisent leurs pouvoirs et ceux sont les Mutant X. Quatre membres les composent : Shalimar Fox de type organique (possède des gènes de félidés qui lui confèrent un instinct développé et une facilité à se battre), Jesse Kilmartin de type moléculaire (capable de se mettre en phase pour traverser les murs et de gagner en densité), puis Emma deLauro de type psionic (télé-empathique, elle ressent les émotions des personnes qui l’entourent et peut projeter des images dans leurs esprits) et Brennan Mulwray de type matériel (il est capable de projeter du courant électrique par ses mains). Ils se battent contre Eckhart afin de sauver les nouveaux mutants qui risquent de terminer en laboratoire ou en stase provoquée. A la fin de la saison, Eckhart est renversé par Gabriel Ashlocke, le mutant 0, qui possède toutes les pouvoirs possibles et enferme Eckhart dans un caisson pour lui faire payer ces 25 ans d’enfermement forcé.