La paléomicrobiologie constitue un champ scientifique émergent dont l’objet
est la confirmation microbiologique démonstrative des
maladies infectieuses
anciennes, décrites sur des bases historiques, archéologiques et anthropologiques essentiellement analogiques. La confirmation de ces maladies anciennes est importante dans le champ des Sciences de l’Homme pour une interprétation exacte des données historiques et anthropologiques ainsi que pour établir une histoire de la médecine et des maladies infectieuses. Il est par exemple tout ŕ fait intéressant de pouvoir reconstituer l’histoire de la description des maladies infectieuses (nosologie), en particulier avant l’apparition des théories microbiennes. Par ailleurs, accéder aux pathogčnes
anciens devrait permettre de mieux analyser leur évolution, éventuellement sur le plan de leur virulence, mais plus encore sur le plan de leur adaptation ŕ leur réservoir et ŕ leurs vecteurs. Cet aspect est capital au moment oů l’analyse des bases fondamentales de l’émergence des pathogčnes et des maladies infectieuses devient un axe fort de recherche en microbiologie et en maladies infectieuses. Il s’agit donc d’un parfait exemple de coopération scientifique entre Sciences de l’Homme et Sciences du Vivant.
Parmi les outils de mise en évidence des pathogčnes anciens, la détection et l’analyse par séquençage des acides nucléiques anciens constituent la technique de recherche la plus prometteuse. Les techniques de biologie moléculaire
ont par exemple permis la description du virus Influenza responsable de la grippe espagnole en 1918. Dans le domaine des maladies bactériennes anciennes, quelques travaux concernant la tuberculose et la lčpre anciennes ont été publiés. Un point clé de ces travaux tient ŕ la qualité des échantillons anciens accessibles ŕ ces analyses. La conservation des tissus humains aprčs congélation ou momification est une situation idéale mais évidemment exceptionnelle. Les os et les dents représentent la vaste majorité du matériel paléoanthropologique accessible aux analyses. Le tissu osseux présente comme inconvénients la contamination par les germes telluriques (microflore provenant du sol), le lavage par le ruissellement, et la nécessité d’une décalcification laborieuse avant extraction des acides nucléiques. Des chercheurs de l’Unité des Rickettsies (CNRS-Université de la Méditerranée), ŕ Marseille, ont, pour la premičre fois, tiré avantage des dents anciennes en extrayant les acides nucléiques ŕ partir de la
pulpe dentaire protégée ŕ l’intérieur de la chambre pulpaire de dents incluses.
Ce nouveau matériel présente comme avantages sa facilité de travail par les protocoles habituels en biologie moléculaire et le fait qu’il est parfaitement protégé des vicissitudes liées ŕ l’environnement. L’hypothčse des chercheurs était que la pulpe dentaire est atteinte par tout micro-organisme pathogčne en phase septicémique.
Suite ŕ la découverte et ŕ l’étude anthropologique par les chercheurs du Laboratoire Adaptabilité humaine : biologie et culture (CNRS-Université de la Méditerranée), d’un charnier de la Grande Peste de Marseille, daté par les documents historiques et ostéo-archéologiques de mai 1722, les microbiologistes de l’Unité des Rickettsies ont utilisé les restes pulvérulents de pulpe dentaire de dents incluses provenant de squelettes du charnier, pour la recherche de l’agent de la peste,
Yersinia pestis, par les techniques de la biologie moléculaire. Un fragment du gčne
pla et un fragment du gčne
rpoB, choisis pour la spécificité de leur séquence chez
Yersinia pestis, ont été ainsi amplifiés, puis séquencés, confirmant l’identification de
Y. pestis dans ces échantillons, et leur absence dans les échantillons anciens témoins négatifs. Ces travaux ont été reproduits sur des échantillons datés de 1590, provenant d’un deuxičme charnier provençal. Ces résultats confirment donc l’étiologie de ces charniers qui n’était suspectée que sur des données anthropologiques et historiques, en quęte de confirmation microbiologique. Ils confirment par ailleurs que la peste bubonique était une entité morbide clairement identifiée par les médecins de la fin du XVIe sičcle.
Ces travaux ouvrent la voie ŕ l’exploration méthodique des maladies septicémiques anciennes. En effet, le postulat de ce travail était qu’une maladie septicémique conduit ŕ une localisation du micro-organisme dans la pulpe dentaire, et que la pulpe dentaire ancienne correspond ŕ un matériel particuličrement intéressant car extręmement résistant et préservé du milieu extérieur tant du point de vue de la contamination par la flore tellurique que du point de vue du lavage ; ce qui autorise l’application de protocoles d’extraction sans décalcification. Ces particularités de la pulpe dentaire sont des avantages sur le matériel osseux, actuellement le plus souvent utilisé dans les travaux de paléomicrobiologie. Ces outils nouveaux pourront ętre appliqués ŕ l’étude plus approfondie de la peste, en particulier de la Peste Noire afin de répondre aux controverses quant ŕ l’étiologie de cette épidémie médiévale. Des épisodes plus anciens pourraient ętre étudiés. L’étude d’autres maladies septicémiques épidémiques, en particulier du typhus épidémique, peut désormais ętre envisagée.
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