"Il existe deux types d'explication du monde, celle fournie par les religions et les mythes, celle proposée par les
sciences."
C'est ainsi que débute l'ouvrage de Claude Allègre, l'un des très grands scientifiques français, définissant une vérité globale, éternelle qui traite de la Nature comme de l'Homme et une vérité partielle, provisoire dans laquelle l'Homme est un élément de la Nature. Mais ces deux vérités vont s'affronter car "toutes deux occupant le même espace de la pensée humaine" d'où des conflits et des compétitions auxquels il tentera de répondre pourquoi et dans quelles mesures.
C'est dans le contexte d'une société qui "progresse" vite sans savoir où elle va et qui voudrait retrouver un sens que cet ouvrage tente d'examiner les rapports qu'entretient Dieu face à la science et inversement.
CLaude Allègre pose alors différentes questions qui étayent son developpement : Peut on encore etre croyant dans un contexte d'une science triomphante et niée à la fois ? Ce monde de science peut-il faire une place à Dieu ? La sciencepar elle même a-t-elle le pouvoir de nier l'existence de Dieu ?
Partant de l'Affaire Galilée, procès intenté par une croyance à une science, faisant de Galilée un martyr, Claude Allègre traverse les siècles afin de démontrer l'attitude ambigüe des Églises face à la science, parfois la promouvant, parfois l'attaquant frontalement. Il passe ainsi de l'age Assyrien au Babylonien, Romain, puis au développement des grandes Universités à partir du XIIIe siècle, véritables puits d'idées nouvelles. Puis l'intervention de l'imprimerie en 1440 qui developpera l'accès aux livres et amenuisera la dimension intermédiaire entre le Peuple et Dieu qu'officialisait l'Église. Vient alors la Réforme puis la Contre-Réforme, Luther, Calvin, le sacrifice de Giordano Bruno en 1600 à Rome, l'influence des Jésuites avec la formation du collège romain...
Le second point important de l'ouvrage est la question de l'héliocentrisme, question délicate pour l'Eglise. Il évoque ainsi à grands traits la manière dont le géocentrisme s'est établit en tant que pierre angulaire des religions bibliques puis comment les religions chrétiennes se positionnent vis à vis des avancées astronomiques ? Beaucoup de personnes s'affronteront alors sur ces questions d'importance : depuis les précurseurs tels qu'Eudoxe de Cnide, Aristarque de Samos ou encore Claude Prolémée, ou les médiévaux comme Thomas d'Aquin au XIIIe, Copernic, Kepler et Galilée puis, en 1660, l'ingénieux Newton qui confirmera l'héliocentrisme et en même temps posera la question de l'action gravitaire.
Le troisième chapitre, "La matière et l'esprit" évoque le choc entre l'approche scientifique de la matière et les croyances religieuses surtout catholiques.
Finalement, parmi les disciplines scientifiques qui se sont affrontées aux croyances religieuses, on note la physique, l'astronomie, l'
astrologie, la chimie, la géologie qui occupe le quatrième chapitre, qui a vocation à étuider la manière dont la Terre s'est formée, et la
biologie qui pose les questions épineuses concernant la conscience, la vie, l'évolution (Lamark, Darwin), les mutations génétiques, la reproduction, l'avortement et avec les dernières avancées scientifiques les questions que posent les neurosciences.
L'ouvrage de Claude Allègre présente enfin la relation qu'entretriennent les scientifiques et Dieu et fini par la problématique que pose la nature des mathématiques et la relation entre les mathématiques et la nature : les lois naturelles sont-elles d'essence mathématiques comme le croient certains deterministes ?