Nous sommes en 1878, à Tokyo, an 11 de l’ère Meiji. Le Japon sort d’une terrible guerre civile qui a vu la victoire des patiotes
et la fin du Shôgunat et de l’ère Edo qui a duré plus de 300 ans. L’un des artisans de cette victoire fut Kenshin Himura, dit « Battosaï », un expert en sabre qui a agi en tant
qu’assassin pour le compte des patriotes. A la fin de la guerre, il part en errance à travers le pays, jusqu'à trouver refuge au dojo Kamiya, chez Kaoru, où il est rejoint par Sanosuke, un jeune combattant, et Yahiko, jeune élève de Kaoru.
Arrivés à Kyoto pour stopper Makoto Shishio, ancien assassin des patriotes souhaitant renverser le gouvernement en place, Kenshin, Saito et Sanosuke se sont rendus à son repaire pour l'affronter. Ils ont vaincu Aoshi, Usui et Anji.
Kenshin affronte maintenant Sojiro, le sabre divin. La difficulté pour Himura est accrue par le fait que Sojiro masque ses émotions derrière un sourire immuable, empêchant d'anticiper ses coups. Le
combat débuté à Shingetsu reprend, et cette fois, Sojiro donne sa pleine mesure, grâce à son "shukuchi", une vitesse de déplacement imperceptible. Il parvient ainsi à contrer une arcane de Kenshin, et le blesse.
Cependant, pour la première fois, le sourire de Sojiro s'efface en constatant que son coup n'était pas mortel. Alors que les deux hommes marquent une pause, le jeune prodige se rappelle son passé. Il était un enfant illégitime, et était exploité par sa famille, obligé de faire les tâches ingrates, frappé pour le moindre faux pas. Sojiro a appris à toujours sourire car il a constaté que ça calme ses parents, plus qu'en se rebellant ou en pleurant. C'est devenu une réaction inconsciente. C'est alors qu'il a rencontré Shishio, en fuite. Caché dans la grange familiale, il lui inculque sa philosophie : "les gros poissons mangent les petits, il n'y a pas de place pour les faibles". Et en échange de son aide, il lui offre un sabre.
Peu après, la famille découvre l'aide que Sojiro a apporté à Shishio, et menace de le tuer. Le garçon se sert du sabre et tue toute sa famille. Shishio le prend sous sa protection, et Sojiro adopte définitivement son idéologie, qui lui a permis de survivre. Contre Kenshin, qui défend une autre idéologie, il est déstabilisé. Il ne comprend pas que Kenshin puisse être aussi fort en défendant sa vision, qui ne l'a pas sauvé lorsqu'il était plus jeune. Le masque de Sojiro tombant, Kenshin anticipe ses coups, les évite et contre-attaque.
Le combat s'achève de la même façon qu'à Shingetsu : les deux adversaires utilisent une technique de bâtto. Sojiro la combine avec son shukuchi, et Kenshin utilise le Dragon Divin. C'est ce dernier qui l'emporte. Vaincu, Sojiro en conclut que l'idéologie de Kenshin est vraie, ce à quoi Himura répond que gagner un combat ne prouve pas qu'on a raison. Il conseille à Sojiro de trouver sa propre réponse dans les expériences qu'il fera. Yumi, décontenancée par la défaite de Sojiro, reste à ses côtés, tandis que Sano et Kenshin courent vers la dernière salle.
Sojiro rompt son allégeance à Shishio. Cependant, il révèle à Yumi le secret du Dragon Divin, pour permettre à Shishio de le contrer. La jeune femme rejoint Shishio avant l'arrivée de Sano et de Kenshin, et lui fait un compte rendu du dernier combat. Enfin, Kenshin et Sanosuke arrivent dans un dojo à ciel ouvert, à flanc de falaise, où se déroulera l'ultime bataille.
Shishio se révèle être un combattant redoutable et sans pitié. Sa lame est restée imprégnée de la graisse des corps qu'elle a tranchés, si bien qu'avec un frottement, elle s'enflamme, tranchant et brûlant son ennemi. C'est la "Homura Dama". Dans le début de ce combat, Kenshin est très nettement dominé par Shishio, qui touche avec la Homura Dama avant de contrer une technique que Kenshin avait déjà utilisée à Shingetsu. Les coups de Shishio, ainsi que la fumée dégagée par les flammes poussent Himura au bord de l'inconscience. Il est rattrapé d'une mant est recouvert de poudre. Frottant la pointe de sa lame dessus, il déclenche une explosion : la Guren Kaina, deuxième arcane de Shishio. Cette fois, touché au visage à bout portant, Kenshin s'effondre, et reste au sol, apparemment mort. Le combat semble terminé. Pourtant, alors même que Shishio range son sabre, Hajime Saito surgit, et attaque directement Shishio.
Ce tome met clairement Kenshin en grande difficulté, d'abord face à Sojiro, mais surtout face à Shishio. La fin du tome est pour le moins inattendue, avec Himura qui est vaincu pour la toute première fois, et pire, sans avoir réussi à toucher réellement son adversaire. En bémol, on pourrait dire que c'est le troisième combat d'affilée de Kenshin, qui a combattu deux grands adversaires (Aoshi et Sojiro) qui lui ont infligé de sévères blessures. Mais Shishio est lui-même un grand brûlé, et donc un blessé permanent. D'ailleurs Watsuki ne cache pas qu'il préférait Shishio à Kenshin, et que dans son esprit, Himura était moins fort. Le tome monte en puissance pour atteindre son paroxysme dans les dernières pages ; Shishio va-t-il l'emporter ? Saito peut-il réussir là où Himura a échoué ? Kenshin est-il effectivement mort ? Et si non, comment peut-il renverser cette situation désespérée ? Autant de questions qui trouveront leur réponse dans le prochain tome.