Nous sommes en 1878, à Tokyo, an 11 de l’ère Meiji. Le Japon sort d’une terrible guerre civile qui a vu la victoire des patiotes
et la fin du Shôgunat et de l’ère Edo qui a duré plus de 300 ans. L’un des artisans de cette victoire fut Kenshin Himura, dit « Battosaï », un expert en sabre qui a agi en tant qu’assassin pour le compte des patriotes. A la fin de la guerre, il part en errance à travers le pays, jusqu'à trouver refuge au dojo Kamiya, chez Kaoru, où il
est rejoint par Sanosuke, un jeune combattant, et Yahiko, jeune élève de Kaoru.
Arrivé à Kyoto pour stopper Makoto Shishio, ancien assassin des patriotes, Kenshin a retrouvé son
maître, Seijuro Hiko, afin d'apprendre les techniques qu'il n'avait pas acquises lorsqu'il a abandonné son entraînement, quinze ans auparavant. A l'époque, Kenshin était jeune, et il avait voulu utiliser la force du Hitenmitsurugi en pleine guerre afin d'aider les gens autour de lui, malgré l'interdiction de son maître ; c'est ainsi qu'il est devenu assassin.
Le tome débute sur une scène du passé, évoquée par Hiko. Il s'agit de la rencontre entre Kenshin, alors âgé de 6 ans, et de son futur maître. Celui-ci l'a sauvé d'une bande de voleurs. L'enfant était le seul survivant du groupe d'esclaves dont il faisait partie, et Hiko lui conseille de se rendre au village voisin pour trouver de l'aide.
Hiko rappelle ce passé alors que Kenshin est à terre, épuisé. Cela fait une semaine que ce dernier a repris l'entraînement, sans avoir réussi à toucher son maître, condition sine qua non pour qu'il lui enseigne les arcanes suprêmes de l'école. Hiko lui offre une ultime chance de réussir ; Kenshin concentre toute son énergie dans sa frappe, et même si elle reste inoffensive pour son maître, il parvient à l'effleurer, ce qui est suffisant.
Il lui enseigne donc les arcanes secrètes. La première est le "dragon à neuf têtes", une technique de charge combinant les 9 techniques mortelles de base du kenjutsu. C'est une technique qui ne peut ni être parée, ni esquivée. Une seule arcane peut la contrer : la technique ultime de l'école Hitenmitsurugi, le Dragon Divin, reposant sur une technique Battô.
Cependant, face à l'attitude de Kenshin, prêt à se sacrifier pour apprendre cette arcane, Hiko s'arrête, et lui donne jusqu'au lendemain pour trouver "ce qui lui fait défaut". Kenshin réfléchit sur la question sans trouver la réponse. De son côté, Hiko, sachant que le lendemain s'achèvera la formation de son élève, se rappelle le début de son enseignement, et le dévouement de Kenshin enfant, qui malgré ses 6 ans, avait voulu défendre des filles qui étaient avec lui. C'est ce qui a conduit Seijuro Hiko à le prendre comme élève.
Le lendemain, Hiko estime que Kenshin risquant de redevenir un assassin, il est de son devoir de le tuer. Il concentre toute sa puissance dans le Dragon à neuf têtes qu'il maîtrise parfaitement. Ce n'est que lorsqu'il est sur le point de mourir que Kenshin découvre ce qui lui fait défaut : la volonté de vivre. Résolu à ne pas mourir, pour ses amis, il réalise instinctivement le Dragon Divin, qui fixe l'ultime limite entre la vie et la mort. Malgré son sabre à lame inversé, il porte ainsi une grave blessure à son maître. Après qu'il se soit remis, Kenshin refuse d'endosser le titre d'héritier de l'école, comme le veut la coutume. Il reste ainsi un vagabond. Il repart à Kyoto après avoir demandé à son maître d'aider Aoiya si besoin était.
Pendant ce temps, au repaire de Shishio, les dix sabres finissent de se réunir. Kenshin rejoint Saito, et discutent du plan d'incendie de Kyoto révéler par Sho. Pour eux, ils ont obtenu ces informations trop facilement, et cela cache quelque chose. En étudiant les cartes de Kyoto et en se référant à certaines stratégies utilisées pendant le Bakumatsu, Kenshin comprend que l'incendie n'est qu'un leurre, et que son vrai projet est de bombarder la ville depuis la mer. Ils se précipitent donc sur les lieuques-uns de ses proches ont déjà embarqué sur le navire. Dans la ville, les hommes de Shishio affrontent les forces de l'ordre, et les habitants, aidés des membres d'Oniwaban Shu, empêchent les départs de feu. Kenshin, Saito et Sano arrivent alors que le navire vient de quitter le quai sous les apparences d'un navire en bois. Shishio fait sauter la coque, ce qui révèle un véritable bateau de guerre armé de canons. Il vise les trois hommes mais échoue. Kenshin et Saito arrivent à monter à bord pour détourner l'attention, tandis que Sano utilise ses mini-bombes pour faire sauter une partie du navire.
Shishio doit renoncer à son plan et s'enfuit avec ses hommes. En se retirant, il lance un défi à ses trois adversaires, en leur donnant l'emplacement de son repaire.
Ce tome est un passage clé du manga. Déjà, on en apprend encore davantage sur Kenshin, et notamment sur ses origines. En outre, Himura acquiert deux nouvelles techniques puissantes qui lui serviront plus tard. Enfin, les dix sabres entrent en scène de façon plus sérieuse, confirmant que Sho n'était qu'une mise en bouche. Cette fois, le véritable combat entre le groupe de Kenshin et celui de Shishio est lancé !