Nous sommes en 1878, à Tokyo, an 11 de l’ère Meiji. Le Japon sort d’une terrible guerre civile qui a vu la victoire des patiotes
et la fin du Shôgunat et de l’ère Edo qui a duré plus de 300 ans. L’un des artisans de cette victoire fut Kenshin Himura, dit « Battosaï », un expert en
sabre qui a agi en tant qu’assassin pour le compte des patriotes. A la fin de la guerre, il part en errance à travers le pays, jusqu'à trouver refuge au dojo Kamiya, chez Kaoru, où il
est rejoint par Sanosuke, un jeune combattant, et Yahiko, jeune élève de Kaoru.
Le gouvernement a fait appel à Kenshin, via Saito, ancien membre du Shinsengumi, devenu policier. En effet, Shishio, "successeur" de Battosaï comme assassin des patriotes, tente de prendre le pouvoir de force.
Kenshin accepte cette mission, et part seul de Tokyo, en direction de Kyoto. En chemin, il rencontre la jeune Misao, qui cherche désespérément Aoshi, et qui suit Himura lorsqu'elle comprend que les deux hommes se sont rencontrés. Ils arrivent finalement au village de Shingetsu, dont Shishio s'est emparé, où les habitants vivent dans la peur.
Saito fait son apparition, ayant appris que Shishio en personne se trouvait là. Saito et Kenshin se rendent à sa résidence. A l'intérieur, les deux assassins se rencontrent pour la première fois, et Kenshin se prépare à affronter Shishio, mais celui-ci décline le combat. A la place, il fait appel à Senkaku, maître du village.
C'est un géant très rapide. Il attaque Kenshin sans relâche, mais Himura sachant que Shishio l'épie, évite simplement les attaques pour ne pas dévoiler ses techniques. A force d'augmenter sa vitesse de déplacement, Himura force Senkaku à se déplacer plus vite que ses jambes ne peuvent le supporter, et l'une d'elle se brise.
Kenshin lui porte le coup de grâce via une technique de l'école Hitenmitsurugi, afin de sauver Senkaku de la menace de Shishio, ayant promis de le tuer lui-même s'il ne forçait pas son adversaire à dévoiler au moins une de ses arcanes. Déçu par la fidélité de Kenshin à son serment de ne plus tuer, Shishio se retire, mais lui laisse un adversaire de taille : Sojiro Seta.
Cet expert ne ressent aucune émotion et n'a aucun esprit combattif, si bien qu'il est impossible pour Kenshin de deviner ses pensées, et d'anticiper ses coups. Idem pour Saito qui attendait une occasion pour attaquer Shishio mais qui a du renoncer, ne pouvant cerner Sojiro, à quelques mètres de lui.
Kenshin opte pour une technique Batto, qui consiste à dégainer très rapidement la lame du fourreau pour trancher. C'est la spécialité qui lui a valu son surnom de Battosai. Sojiro fait de même. Les deux hommes frappent en même temps, mais leurs coups s'annulent ; cependant, la puissance des coups provoquent la destruction des armes : le sabre à lame inversée de Kenshin est coupé en deux, tandis que celui de Sojiro est complètement fendillé de la base jusqu'à la pointe, et ce, bien que ce soit l'un des tout meilleurs sabres de tout le pays.
Sojiro se retire. Saito s'occupe du village libéré, et Kenshin et Misao reprennent leur route vers Kyoto. Shishio, impressionné par la destruction du sabre de Sojiro, lui demande de réunir les "dix sabres", des combattants d'élite.
De son côté, Sano poursuit sa route et cherche en même temps le moyen de devenir plus fort. Il fait ainsi la rencontre d'Anji, un ex-moine bouddhiste qui maîtrise la technique du double coup, qui permet de fracasser même de gros blocs de pierre. Anji s'est volontairement détourné du chemin de Bouddha, convaincu que c'est l'homme et non la religion qui peut changer la situation. Sano, en tant qu'ancien du Sekihôtaï, groupe trahi par les patriotes, est plutôt hostile au gouvernement en place. Grâce à cette position, Anji accepte de lui enseigner sa technique, qui consiste en une succession de deux coups dans un intervalle extrêmement réduit. Cependant, Sano doit la maîtriser en une semaine, sans quoi, il mourra. Finalement, ce n'est que trxpiration du délai que Sano arrive à maîtriser le double coup. Il reprend donc la direction de Kyoto. Peu après, Sojiro arrive pour convoquer Anji, qui est l'un des dix sabres.
Pendant ce temps, Kaoru et Yahiko arrivent à Kyoto par bateau. Kenshin et Misao atteignent également Kyoto, et se rendent à Aoiya, un restaurant servant de couverture aux Oniwaban Shu. Misao retrouvent Jiya, l'ancien chef du groupe. Après une discussion, Jiya accepte d'aider Kenshin, notamment en retrouvant deux hommes : Seijuro Hiko et Shakku Arai. Ce dernier est celui qui a forgé le sabre à lame inversé de Kenshin. Il est décédé, mais son fils a hérité de son savoir-faire, et Kenshin va lui rendre visite afin d'obtenir un nouveau sabre. Mais Seiku, fils de Shakku, ne fabrique plus de sabre, afin de préserver l'ère de paix que connaît désormais le Japon. Sensible à cette vision des choses, Kenshin n'insiste pas.
La première partie du tome est plutôt mouvementée, avec l'affrontement contre Senkaku, puis celui, bref mais intense, contre Sojiro. La rencontre entre les deux assassins est également tendue. La seconde en revanche est plus calme. Sanosuke progresse, et les alliés de Shishio se font plus précis, de même que l'ambiguité qui tourne autour d'Aoshi. Ce tome achève la mise en place du contexte.