Nous sommes en 1878, à Tokyo, an 11 de l’ère Meiji. Le Japon sort d’une terrible guerre civile qui a vu la victoire des patiotes
et la fin du Shôgunat et de l’ère Edo qui a duré plus de 300 ans. L’un des artisans de cette victoire fut Kenshin Himura, dit « Battosaï », un expert en sabre qui a agi en tant qu’
assassin pour le compte des patriotes. A la fin de la guerre, il part en errance à travers le pays, jusqu'à trouver refuge au dojo Kamiya, chez Kaoru, où il
est rejoint par Sanosuke, un jeune combattant, et yahiko, jeune élève de Kaoru.
Au dojo Maekawa, Kenshin rêve de la guerre où il a été confronté au Shinsengumi, un groupe d'experts en sabre aux ordres du Shôgunat. Il a plusieurs fois combattu ses membres, affrontements qui se sont toujours soldés par un match nul.
Au même moment, Sano, resté seul au dojo Kamiya, reçoit la visite d'un étrange visiteur, Goro Fujita, se faisant passer pour un marchand. Mais c'est en réalité un expert en sabre à la recherche de Kenshin. Sano tente de lui faire face, mais est débordé. Finalement, Fujita le met KO.
Lorsque Kenshin rentre, il devine qui est l'agresseur : Hajime Saito, ancien capitaine du Shinsengumi. Il travaille pour Shibumi, un petit homme d'affaires, commanditaire du Chapeau Noir, et à qui on a demandé d'éliminer Battosaï. Il est accompagné d'Akamatsu, un combattant. Kenshin reçoit un défi et pense affronter Saïto. Mais une fois sur place, c'est Akamatsu qui l'attend, tandis que Saito se rend chez Kaoru.
Bien que supérieur, Kenshin fait durer le combat afin d'en apprendre le plus possible sur Saito et ceux qui ont commandité son assassinat. Une fois renseigné, il se défait facilement d'Akamatsu et retourne au dojo Kamiya. Saito, qui s'était tenu tranquille jusque là, dévoile son vrai visage et rappelle à Kenshin leurs combats passés.
L'affrontement entre les deux hommes est inévitable, et d'une rare violence. Pour la première fois dans le manga, Kenshin est en réelle difficulté. La puissance qui a permis à Saito de devenir l'un des meilleurs combattants de la fin de l'ère Edo lui permet de contrer ses attaques. Hajime augmente progressivement la puissance de ses coups, poussant son adversaire dans ses derniers retranchements.
Mais alors qu'il semble sur le point de perdre, Himura redevient Battosaï l'assassin, un combattant sans pitié. Il surprend Saito, et fait combat égal avec lui. Mais il utilise également l'autre côté de son sabre, et il devient évident, au désespoir de Kaoru, que le combat se terminera par la mort de l'un des deux adversaires. Alors que le cri de Kaoru avait empêché Kenshin de basculer dans son côté "Battosai" face à Jinné Udo, ce même cri reste cette fois sans effet.
C'est l'intervention du ministre de l'intérieur en personne, Toshimichi Okubo, membre actif des patriotes, qui met un terme au combat. En réalité, c'est pour eux que travaille Hajime Saito, devenu inspecteur de police. Sa mission consistait notamment à évaluer la puissance d'Himura pour déterminer s'il pouvait être utile pour les besoins du gouvernement. Son jugement est sans appel : Kenshin en tant que vagabond n'est pas à la hauteur, mais Kenshin l'assassin l'est complètement.
Okubo explique alors à Kenshin et à ses amis le pourquoi de ce test. Pendant le Bakumatsu, Kenshin est devenu l'adversaire du Shinsengumi, quittant son rôle d'assassin de l'ombre. Il a été remplacé à cette fonction par un autre patriote extrêmement puissant : Makoto Shishio. Mais contrairement à Kenshin, son successeur avait une ambition démesurée, et il connaissait des secrets qui pouvaient le rendre dangereux. Les patriotes ont donc profité d'une bataille pour se retourner contre lui. L'ayant laissé pour mort, ils ont brûlé son corps. Mais Shishio a survécu, et désormais, il complote pour renverser le gouvernement et diriger le Japon sous sa poigne de fer. Vu la puissance de Shishio, Okubo a décidé de faire appel à Kenshin pour étouffer cette menace.auvegarde du Japon, mais pourrait avoir pour conséquence de changer définitivement Kenshin en assassin. Okubo laisse quelques jours à Himura pour prendre sa décision.
Quant à Shibumi et Akamatsu, que Saito a utilisé pour approcher Kenshin, l'inspecteur se retourne contre eux, et n'ayant pas la compassion d'Himura, il les élimine.
Le jour où Kenshin doit donner sa réponse à Okubo, ce dernier est assassiné par un des alliés de Shishio. Kenshin accepte finalement la mission qui lui a été proposée. Et afin de ne pas faire courir de risques à ses amis, Kenshin reprend la route seul, en ayant seulement dit adieu à Kaoru.
Ce tome est extrêmement intéressant. De nombreux personnages se mettent en place, tels Saito, Shishio ou Sojiro. La trame est complexe d'emblée, reliant le passé de Kenshin à son présent. Elle confronte en outre le Kenshin vagabond et pacifiste à Battosai l'assassin sans pitié mais puissant. On peut même voir en Saito, de même qu'en Shishio, l'ancien visage de Kenshin. Watsuki greffe en outre habilement son histoire sur des personnages et des faits historiques réels (Saito, Okubo, son assassinat...), donnant une profondeur à l'histoire qui n'avait jamais été atteinte avant.
On trouve enfin les éléments qui ont contribué à faire de Kenshin un manga culte. A noter le combat dantesque entre Kenshin et Saito, d'une rare intensité, et qui n'aura que peu d'égal dans les tomes suivants.