A partir de 1305, le roi de France, Philippe le Bel, évoqua pour la première fois la mala fama (la mauvaise renommée) qui tournait autour des Templiers. Cependant, les relations entre le Roi capétien et le
pape Boniface 8—l’avant prédécesseur de l’actuel pape Clément 5—avaient été envenimé quelques années plus tôt. Benoît 11, pape successeur à Boniface 8 et dont le pontificat dura moins d’un an, a consenti à lever les sanctions qui pesaient sur le Roi de France. Ainsi après avoir déclaré Boniface 8 hérétique, Philippe le Bel voulait
qu’on ne le soupçonna plus de l’avoir enlever à Anagni. Il exigeait donc de Clément 5 qu’il levât les anathèmes qui pesaient sur lui concernant ce crime et d’ouvrir une enquête pour prouver l’hérésie de ce même pape.
Le 14 Septembre 1307, Philippe le Bel ordonna à tous ses représentants à travers le Royaume d’arrêter les Templiers de France. La résistance du pape Clément 5 fut forte et suite à une négociation avec le Roi, une enquête fut ouverte. Mais à travers une lettre qu’aura adressé le pape au roi de France concernant ses propos calomnieux sur les Templiers, Philippe le Bel décida de prendre de la vitesse sur les intentions du pape. Le 13 Octobre 1307, tous les Templiers présents en France furent arrêtés. Jacques de Molay, le dirigeant de l’ordre figurait parmi eux. Cependant il manquait au Roi les preuves pour condamner ces chevaliers. Ainsi eut-il recourt à la torture contre les accusés. La plupart des dignitaires reconnurent que la cérémonie d’adhésion à l’ordre comportait un rituel de reniement au Christ. Lorsque ces aveux furent prononcés, le Roi extorqua une déclaration officielle de la main de Jacques de Molay, et cette lettre fut immédiatement envoyée aux souverains de la Chrétienté. Quand le pape fut au courant de l’insoumission de ses chevaliers, il voulut reprendre l’affaire en main. Il suspendit les inquisiteurs de leur office en prétendant qu’ils n’avaient pas le droit d’agir au nom du souverain pontife. En mai 1308, les pressions de Philippe le Bel se faisaient fortes. Pendant plus de deux mois, à Poitiers, sous la menace de l’armée, les négociations se déroulèrent. Finalement, Clément 5 céda à défendre le Temple dés l’instant que la suprématie juridictionnelle du Siège apostolique lui était encore accordée. Dans une série de bulles émises entre le 5 Juillet et le 12 Août 1308, le pape Clément 5 lança deux enquêtes sur la culpabilité des Templiers. En 1311, le résultat des procédures se tînt à Vienne. Mais les preuves étaient insuffisantes et on n’avait pas de quoi juger les Templiers. Le pape Clément 5 décida alors de supprimer l’ordre d’une manière administrative sans le condamner. Le sort des Templiers fut légué aux conciles provinciaux sauf celui des quatre hauts dignitaires que le pape abandonna à la décision d’une assemblée ecclésiastique placée sous l’influence du roi. Le 14 Mars 1314, Jacques de Molay et ses trois autres compagnons furent condamnés à la prison perpétuelle. Le grand maître de l’ordre Jacques de Molay et le commandeur de Normandie Geoffroy De Charnay clamèrent leur innocence ; le roi les fît mourir sur le bûcher le soir même.
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