Nous sommes en 1878, à Tokyo, an 11 de l’ère Meiji. Le Japon sort d’une terrible guerre civile qui a vu la victoire des patiotes et la fin du Shôgunat et de l’ère Edo qui a duré plus de 300 ans. L’un des artisans de cette victoire fut Kenshin Himura, dit « Battosaï », un expert en sabre qui a agi en tant
qu’assassin pour le compte des patriotes. Depuis la fin de la guerre, il erre à travers le pays.
Pour délivrer Megumi Takani, que Kanryu Takeda oblige à fabriquer de l'opium, Kenshin, Sanosuke et Yahiko donnent l'assaut sur son repaire. Après s'être facilement débarrassés de la milice de Takeda, ils se retrouvent face aux membres d'Oniwaban Shu, un groupe de combattants autrefois au service du Shogûnat.
Kenshin affronte Hannya, un ninja surprenant. Lors de leur première confrontation, au dojo Kamiya, il avait réussi à toucher Kenshin, même si ce dernier avait également répliquer. Le
combat commence. Même si Hannya n'
est pas armé, il dispose d'autres moyens pour équilibrer le combat, à commencer par des plaques de fer dans ses gants qui lui permettent de bloquer les coups de sabre. En outre, grâce à sa technique du "bras déformé", il parvient à toucher plusieurs fois Kenshin avant que celui-ci ne comprenne son astuce. Hannya a plusieurs bandes noires tatouées sur ses bras, à intervalles réguliers, ce qui crée une légère illusion d'optique, donnant l'impression que ses bras sont plus court, et qu'ils s'allongent lorsqu'il porte un coup.
En utilisant son sabre comme instrument de mesure, Kenshin se défait de l'illusion, et contre-attaque. Le ninja a alors recours à une nouvelle arme : des griffes, qui ne sont pas sans rappeler celles d'un certain Wolverine dans les comics américains. Cependant, Kenshin se retrouve dans une configuration plus classique et il remporte la victoire dans grande difficulté.
Un peu plus loin, le groupe tombe sur Shikijo, une brute épaisse couverte de cicatrices. Kenshin et Yahiko poursuivent leur route, laissant Sano l'affronter. C'est un combat au corps à corps qui s'engage. Les deux adversaires sont pratiquement de force égale. Ils s'épuisent mutuellement, sans que l'un ou l'autre ne prenne le dessus. Mais ce qui fait la différence entre les deux, c'est la motivation ; alors que Shikijo ne se bat que pour le plaisir de combattre, Sanosuke se bat pour porter secours à Megumi. Il trouve ainsi les ressources nécessaires pour résister et porter le dernier coup. Mais bien que vainqueur, il s'écroule à son tour, épuisé, quelques instant après.
Kenshin et Yahiko se retrouvent enfin contre Aoshi Shinomori, chef des Oniwaban Shu. Le combat s'engage plutôt mal pour Kenshin, car Aoshi se défend avec son sabre, mais pratiquant également le Kenpo, il attaque avec ses poings et pieds, contre lesquels Battosaï ne peut se défendre. Au cours du combat, Aoshi révèle sa véritable ambition : le Shogûn qu'ils défendaient s'étant rendu sans combattre, les Oniwaban Shu n'ont pas pu participer à la guerre. Aoshi veut vaincre Kenshin pour récupérer le titre de "l'homme le plus fort du Bakumatsu". Le combat reprend, et Kenshin n'arrive toujours pas à trouver de faille dans la technique de son adversaire. Ce dernier utilise un Kodachi, un sabre court qui lui permet des mouvements rapides et une défense parfaite.
Kenshin trouve enfin une idée pour répliquer : il prend son sabre par la lame afin de le raccourcir, pour se retrouver à égalité avec Aoshi. Surpris, celui-ci encaisse son premier coup. Il réplique en utilisant sa technique suprême, la danse fatale. Il inflige ainsi un coup mortel à Kenshin. Yahiko, malgré sa jeunesse et son inexpérience, se prépare à combattre, lorsque Battosaï se relève. Il a utilisé son fourreau en fer pour minimiser les impacts des coups. Aoshi tente à nouveau sa technique, mais cette fois, Kenshin bloque la lame à mains nues, pour porter un coup à la gorge d'Aoshi. Ce dernier s'écroule enfin, inconscient.
C'est alors qu'apparaît Kanryu Takeda,t compris qu'Aoshi n'était pas à son service par dévouement mais uniquement pour combattre, il craint d'être trahi. Il veut donc tuer les deux kendokas. Kenshin parvient à éviter les premiers tirs, mais Aoshi, à peine remis du combat, est touché aux jambes. Alertés par le bruit des tirs, tous les membres d'Oniwaban Shu, ainsi que Sano, se rendent sur les lieux. Alors que Kanryu prépare un nouveau tir, Shikijo s'élance au secours de son chef. Kenshin profite d'un instant d'hésitation de Takeda pour sortir du champ de tir. Shikijo encaisse le tir destiné à Aoshi, et meurt. Hottoko et Beshimi tentent d'intervenir à leur tour mais sont fauchés par le tir de la mitrailleuse. Hannya s'élance à son tour pour faire diversion. Il est abattu, mais Kenshin en a profité pour récupérer son arme, et atteindre Takeda, qu'il met enfin hors d'état de nuire.
Enfin, Kenshin et ses amis peuvent libérer Megumi. Celle-ci souhaite payer pour ses crimes, en allant en prison ou en mourrant, mais Kenshin lui montre qu'elle sera bien plus utile en exerçant ses talents de médecin pour sauver des vies. Lorsqu'ils ressortent, la police est là. Aoshi s'est enfui, emportant les têtes de ses camarades morts. Celui-ci jure de vaincre Kenshin, pour ses amis morts.
Ainsi s'achève la première grande rencontre de Kenshin avec Aoshi. C'est le premier personnage véritablement complexe parmi les adversaires de Kenshin, et Watsuki en fera par la suite un personnage clé.
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