Nous sommes en 1878, à Tokyo, an 11 de l’ère Meiji. Le Japon sort d’une terrible guerre civile qui a vu la victoire des patiotes et la fin du Shôgunat et de l’ère Edo qui a duré plus de 300 ans. L’un des artisans de cette victoire fut Kenshin Himura, dit « Battosaï », un expert en sabre qui a agi en tant
qu’assassin pour le compte des patriotes. Depuis la fin de la guerre, il erre à travers le pays.
Après plusieurs années de vagabondage, il trouve refuge chez Kaoru, jeune maître en sabre de l'école Kamiya. L'école ne compte qu'un seul élève, trouvé par Kenshin, Yahiko Myojin, un enfant d'une dizaine d'années. Après avoir combattu Kenshin, Sanosuke Sagara, un jeune combattant dont le groupe a été trahi par les patriotes alors qu'il était enfant, se joint au groupe, impressionné par l'idéologie défendue par Battosaï. C'
est alors qu'ils rencontrent Megumi, alors qu'elle est attaquée par plusieurs hommes.
Après l'avoir sauvée, ils la raccompagnent au dojo. La jeune femme refuse de donner la moindre explication, que ce soit sur les raisons de son agressions ou sur les sachets d'opium qu'elle transportait. Sanosuke, qui vient de perdre un ami victime de l'opium, rend Megumi responsable de ce qui s'est passé. Peu après, ils découvrent le cadavre des hommes qui ont attaqué la jeune fille. Ils ont été exécutés pour leur incompétence. Sur les lieux, Kenshin note la présence de Kanryu Takeda, un homme d'affaires peu scrupuleux, ainsi que d'un autre homme mystérieux à ses côtés, expert en sabre lui aussi. Megumi lui apprend qu'il s'agit d'Aoshi Shinomori, l'Okashira, le chef du groupe des Oniwaban Shû. Ce groupe, composé de ninjas, a défendu le Shogûnat avant la Restauration Meiji.
Le soir, alors que Kenshin tente de comprendre le fonctionnement de l'organisation de Takeda, le dojo est attaqué par des membres d'Oniwaban Shû : Hyottoko, un géant qui crache du feu grâce à une poche d'huile cachée dans son ventre, Beshimi, un être tout petit qui lance des balles empoisonnées, et qui faisait partie des hommes ayant attaqué Megumi la première fois, et Hannya, un pur ninja. Sano réussit à vaincre Hyottko grâce à sa grande force et à sa résistance.
Beshimi, caché dans un arbre, tente de tuer Megumi avec l'une de ses balles, mais Yahiko s'interpose et la reçoit à sa place, dans le bras. Alors que tous pensent que ce n'est qu'une blessure superficielle, Yahiko ne se relève pas : la balle est empoisonnée. Kenshin intervient et assome Beshimi, mais Hannya s'en mêle. Voulant récupérer un antidote pour Yahiko, Kenshin l'attaque, mais ce dernier réussit à bloquer son sabre et contre-attaque avant de disparaître avec ses compagnons.
Face à Yahiko qui est sur le point de mourir, Megumi ne peut cacher plus longtemps son vrai visage. Elle prodigue les premiers soins au garçon et prescrit des médicaments pour ralentir le poison, le temps de l'emmener chez un médecin. Celui-ci révèle l'origine de Megumi : elle appartient à une grande famille de médecin d'Aizu, qui fut presque entièrement décimée pendant la bataille d'Aizu. Seule, Megumi est alors entrée au service d'un médecin de Tokyo, en tant qu'assistante. Mais Takeda a passé un arrangement avec le médecin pour créer un opium particulier, quatre fois plus rentable. Lorsqu'il fut tué par Kanryu, ce dernier emprisonna Megumi pour la forcer à continuer la production d'opium. La femme s'est enfuie pour ne plus avoir à produire de la drogue, et Kanryu cherche à tout prix à la récupérer.
Quelques jours plus tard, Takeda rencontre Megumi et lui met un ultimatum : soit elle revient travailler pour lui de son plein gré, soit il détruit le dojo Kamiya. La jeune femme cède. Cependant, ayant compris se qui se tramait, Kenshin, Sanosuke (malgré ses réticences) et Yahiko se rendent à la résidence de Kanryu pour reprendre Megumi. Après avoir facilement vaincu la milice, Battosaï laisse une heure à Takeda pour libérer la jeune femme.
Megumi, même si elle a cédé à uction d'opium. Elle tente d'assassiner le malfrat, ayant dans l'idée de suicider ensuite, mais en est empêchée par Aoshi. Face à l'attaque de Kenshin, Megumi est enfermée dans une pièce. Aoshi lui laisse son couteau pour qu'elle puisse mettre fin à ses jours si elle le désire. Une fois l'heure écoulée, Kenshin et ses amis entrent dans la demeure de Kanryu et se retrouve face à leur premier ennemi, qui n'est autre qu'Hannya.
Ce tome comporte encore un bonus de fin.
Ce nouveau tome marque une réelle avancée dans l'histoire de Kenshin. Même si l'histoire en elle-même est plutôt anodine, Watsuki pose là les bases de la première grande partie de Kenshin, celle de Shishio. L'histoire de Takeda est la première à s'étaler sur plus d'un tome entier, et on voit apparaître Aoshi Shinomori, le premier grand adversaire de Kenshin qui sera récurrent tout au long des tomes suivants, et permettra à l'auteur d'intégrer petit à petit son entourage, pour développer ce personnage noir. On y découvre également Megumi qui, même si elle est du "bon" côté, est un personnage ambigu. C'est également la première fois que Kenshin rencontre des adversaires capables de lui résister.
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